フリーソフト/Gaussian03 for IA64

• Itenium2 なマシン(HP)
• RedHat Enterprise Linux AS 3(update 4)

で 一応，コンパイル O.K. だったので覚え書き．

Unix Gaussian 03 Revision C.02

以下のものが必要

• Intel C++ Compiler for Linux(->利用したのは 8.1 評価版)
• Intel Fortran Compiler for Linux(->利用したのは 8.1 評価版)
• Intel MKL(Math Kernel Library)(->利用したのは 6.0 評価版)

コンパイル手順

# groupadd g03
 ->GID 500 g03 group added
# setenv mntpnt /mnt/cdrom
# setenv g03root /usr/local
# cd $g03root
# cat $mntpnt/tar/*.taz | zcat | tar xvf -
# chgrp -R g03 g03
# cd g03
# source $g03root/g03/bsd/g03.login
# source /opt/intel_cc_80/bin/iccvars.csh
# source /opt/intel_fc_80/bin/ifortvars.csh
# vi /etc/ld.so.conf
-Added------------------
/opt/intel_cc_80/lib
/opt/intel_fc_80/lib
-------------------
# ldconfig
# パッチをあてる(自分で作った--後述)
# bsd/bldg03 >& make.log &

パッチについて，

Intel の新しいコンパイラ(8.X系)ではコンパイルが通らなかったので 強引にコンパイルが通るようにしたパッチです．

一部 Source をいじっています． いじった箇所は，OpenMP 関係でエラーが出る箇所に対して OpenMP を無効にしました． つまり，

• マルチプロセッサ，マルチスレッド対応になっているソースを，
• (一部だけですが)マルチプロセッサ，マルチスレッド非対応に しています．

  ユーザさんにとっては申し訳ないのですが，

  コンパイルが通らないんだから仕方ない...

パッチ，3つあります．

• ia64.make.diff
• mdutil.c.diff
• utilam.F.diff

順番は関係なく

patch -p1 < ファイル名

であてます．

テスト

テストするユーザは，g03 グループにいれ，/usr/local/g03 内の ファイルが読み込めるようにする．

% setenv g03root /usr/local
% setenv GAUSS_SCRDIR /work      <-- スクラッチファイルの場所(指定が無ければカレントディレクトリ)
% source $g03root/g03/bsd/g03.login
% source /opt/intel_cc_80/bin/iccvars.csh
% source /opt/intel_fc_80/bin/ifortvars.csh
% cd /work1
% mkdir test
% cd test
% cp $g03root/g03/tests/com/test028.com .
% g03 < test028.com > test028.log

(ただし，大きなメモリを喰うようなサンプルではないので 実際のデータではどうなるかわからない． limit コマンドなどで，アロケーションメモリの調整は必要かも)

注意事項

Gaussian 03 からの制約として， /usr/local/g03 ディレクトリ以下が，"World Readable" であると コアダンプする．

このため，/usr/local/g03 以下のファイルについては， g03 グループ以外のユーザには読めないように設定し， Gaussian 03 を実行するユーザは g03 グループに 所属させないといけない (プライマリグループでなくてもいい)．

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